한일관계사는 우리의 역사 현실과 늘 밀착되어 있음에도 불구하고 그 동안 너무나 외면되어 왔다. 더구나, 과거 한일관계사의 연구가 주로 일본인에게서 시작되어 왔고, 그것도 식민사학을 정당화 시키기 위한 왜곡된 목적의식에서 출발하였던 만큼 그 문제점이 적지 않은 것도 사실이다.

동아시아 속의 한국사, 나아가 세계사 속의 한국사를 재구성해야 하는 지금, 우리의 역사 연구는 그 전제가 되는 대외관계사 연구에 너무 미흡하였고, 이를 특수사로만 취급하여 한국사를 총체적으로 구성하지 못해왔다. 외정이 내정의 연장이며, 동시에 외정은 내정의 국제적 표현임을 상기할 때, 내정과 외정의 연구 어느 한 쪽이라도 소홀히 해서는 안된다.

때문에 [한일관계사학회]에서는 "한국과 일본에 대한 역사 연구를 통하여 두 나라 사이의 올바른 관계사 정립"을 목표로 설정하고 이를 위해 각자의 연구 분야에서 혼신의 열을 다 바치고자 한다. 본 학회의 학술잡지 [한일관계사연구]는 이러한 의지의 표현으로 간행하고 있는 것이며, 이 뜻을 가진 연구자들에 의해 영원히 지속될 것이다.